Địa bàn xã Nam Phúc Thăng hiện nay trước đây vốn là ba xã: Cẩm Nam, Cẩm Phúc, Cẩm Thăng.

Trước khi sáp nhập, xã Cẩm Nam có diện tích 8,63 km², dân số là 3.713 người, mật độ dân số đạt 430 người/km², gồm 10 thôn: Nam Tiến, Tây Nguyên, Trung Thành, Đông Yên, Nam Yên, Đông Khê, Nam Thành, Hà Bắc, Bình Bá, Tây Đồng. Xã Cẩm Phúc có diện tích 7,80 km², dân số là 4.158 người, mật độ dân số đạt 533 người/km², có 14 thôn. Xã Cẩm Thăng có diện tích 6,84 km², dân số là 3.926 người, mật độ dân số đạt 574 người/km².

Ngày 21 tháng 11 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 819/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Hà Tĩnh (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2020)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của ba xã: Cẩm Nam, Cẩm Phúc, Cẩm Thăng thành xã Nam Phúc Thăng.